Door de lage ligging (5.5m boven de zeespiegel) en de constante aanvoer van grondwater (kwel) bestaat de Leiemeersen (36 ha) uit moeras en natte graslanden. Het gebied is dus het hele jaar rond nat. Centraal in het gebied ligt een 800 meter lange meander van de Zuidleie. Het gebied wordt verder nog doorkruist door de Bornebeek en de Merelbeek, enkele van de ecologisch meest waardevolle beekjes in de regio. Op de hogere plaatsen in het gebied zijn dan weer bloemrijke, droge graslanden aanwezig.
Dit gebied is echter niet zonder problemen tot stand gekomen. In de jaren ’60 – ’70 zijn grote delen van het gebied opgehoogd met huisvuil en baggerslib uit het kanaal en de Brugse reien. Om het gebied terug in zijn originele staat te krijgen zijn grote middelen ingeschakeld, waardoor dit het eerste gebied in Vlaanderen is waar met zulke grote middelen tewerk is gegaan. De opgehoogde bodems werden terug afgegraven tot op hun originele veenbodems waardoor het natuurherstel kon beginnen.
Er is een zeer grote variëteit aan planten en dieren. In het open water vindt men Gele plomp, Witte waterlelie, diverse zeldzame fonteinkruiden, het Loos blaasjeskruid en vele meer. De Gewone en Alpenwatersalamander voelen er zich thuis en er komen ook meer dan 24 soorten libellen voor.
In het moerasgedeelte zijn andere soorten te vinden. Hier komen soorten als Grote en Kleine egelskop voor, Scherpe zegge, Elzenzegge, Moeraskruid, Melkeppe en vele andere soorten zijn hier ook te vinden. Ook zijn er heel wat vogels te zien in het moeras, waaronder Rietgors, Blauwborst, Kleine karekiet, Waterral en de zeldzame Porseleinhoen.
Verder groeien er heel wat orchideeën zoals de Rietorchis en Brede orchis. Pinksterbloem, Echte koekoeksbloem, Moeraskartelblad, Moerasspirea en vele andere soorten zijn te vinden in de andere gedeelten van het gebied.
Door de kwetsbaarheid en het ecologisch belang van het gebied is het niet toegankelijk. Er zijn echter heel wat werkdagen en begeleide wandelingen in het gebied waardoor geïnteresseerden alsnog een kijkje kunnen nemen in dit prachtig gebied.